建议先用少量肽来试验较合适溶解方法，只有当多肽完全溶解后，才能加入溶液并将之稀释至终浓度。即先溶解，后加入缓冲液。注意: 总是将多肽加入到适当溶剂中搅拌，而不能采用其它方式。
冻干多肽的溶解
1. 多肽溶解中的主要问题是二级结构的形成。
虽然疏水肽链二级结构的形成更明显，但除了短的肽链外，该现象发生在几乎肽链，与极性无关。因此，溶解多肽的个原则是用无菌的蒸馏水或去离子水(如果条件允许则用无氧水)。
多肽溶液可能遇到细菌降解。为避免该现象的发生, 多肽应溶解在无菌的蒸馏水中, 或者用0.45或0.2μm孔径的滤膜过滤除菌。
包含Cys、Met、Trp的多肽特别容易氧化, 因此应该溶于无氧的水中。无氧水可以通过注入惰性气体(氮、氦、氩)减压除气得到。
2. 若多肽不溶于纯水，超声处理有助于打碎颗粒并增加溶解度。注意: 超声处理会引起溶液发热和多肽降解。
3. 若多肽中包含多个碱性氨基酸，使用（1-10%）的乙酸水溶液；对于疏水性非常强的多肽，则使用50%乙酸。
4. 若多肽中含有大量酸性氨基酸，可用氨溶液（1-10%）或乙酸乙基吗啡或重碳酸盐等挥发性的碱性缓冲液溶解。pH值在层析前必须调整。
5. 异丙醇和乙腈能溶解中等大小的肽。若肽要上柱，有机溶剂的量则必须很少，否则将严重影响停留时间。
6. 若多肽因为含有Val、Leu、Met、Phe、Tyr、Ala等芳烃侧链而高度疏水，或为中性肽时, DMF或DMSO等膜变性剂的使用，有助于多肽的溶解。
a. 高浓度膜变性剂通过破坏多肽的二级结构而助溶。
b. 膜变性剂适于多肽分析液的制备, 但可能会对其生物活性的研究工作造成干扰。
c. DMF是较佳变性剂(高浓度可达30%), 滴加至多肽溶解。
d. 反相层析时, DMF将与洗脱液前峰一起流出, 依注入量的多少, 峰值可能很高。大多数肽能在大量DMF 流出后几分钟内流出, 若肽链很小, 洗脱太早, 多肽的量将降低。
冻干多肽的保存
标明“保持冻干”的产物, 都必须保存在冰冻条件下，请保存于-20℃，若保存在-80℃以下, 大多数肽可维持几年的活性。
当使用冰冻产品时, 开盖之前, 瓶或试管应在装有新鲜干燥剂的干燥箱内升至室温。对于保存于-20℃的产品, 这个过程需要一小时或更长, 随包装大小而异。否则, 当瓶打开时, 水气进入导致多肽凝缩而降低其稳定性。一旦打开, 应迅速称量完毕, 并立即密闭以免潮解, 尤其亲水肽更应注意。
多肽溶液的保存
多肽溶液比干粉的稳定性差很多, 为了得到好结果, 遵循下列原则:
1. 反复冻融有损于肽的活性, 所以建议分装成小包装保存。需要多少解冻多少, 用后剩余者弃掉。
2. 溶于PH5-7无菌的缓冲液中, 贮存于-20℃。
3. 包含Cys、Met、Typ、Glu、Asp的多肽易于氧化, 因此须保存在无氧化剂的环境中。
4. 由于细菌能降解多肽, 因此贮存前必须过滤除菌